El presidente del Observatorio Antidifamación Religiosa (OADIR), Antonio Alonso Marcos, dirigió una carta abierta a Amenábar, también conocido por su filme pro-eutanasia Remar Mar Adentro, en la que denuncia el efecto –anticipado por el mismo director– de la cinta.
"El motivo de mi carta es hacerle caer en la cuenta de una cosa que usted ya sabe pero que no le da importancia: su película va a despertar el odio contra los cristianos en nuestra sociedad de hoy. Usted ofrece una visión sesgada e interesada de las relaciones entre la ciencia y la Iglesia entre la razón y la fe. Se lo han hecho ver por activa y por pasiva, y usted ha puesto una excusa un poco vaga y ha mirado para otro lado", indica la carta.
Alonso Marcos recuerda a Amenábar los comentarios de las personas que ya han visto la cinta　en pase privado y que él mismo compartió en el programa de televisión El Hormiguero del canal Cuatro de TV.
En este programa, Amenábar confesó que "las personas que había a mi alrededor dijeron al acabar la película qué hijos de p… son los cristianos".
"Efectivamente; esa ha sido y esa será la reacción del público en general. Y usted lo sabe. ¿Es lo que buscaba? ¿Echar carros y carros de estiércol sobre una institución que hoy ayuda a millones de seres humanos a vivir y a disfrutar al máximo de la vida?", agrega la misiva.
Ante la respuesta que suele dar Amenábar de "que esta película no va contra los cristianos sino contra aquellos que hoy se ponen bombas y matan en nombre de Dios, es decir, contra los fanáticos religiosos", Alonso Marcos cuestiona por qué no ha recreado situaciones cercanas como las que ocurren en Medio Oriente.
Protagonizada por Rachel Weisz, Ágora es una superproducción de corte épico que cuenta la historia de Hipatia, una mujer pagana que fue asesinada por su posición política. Según varios medios de prensa españoles, debido a su fuerte contenido anticristiano, el filme –que costó unos 50 millones de euros– aún no encuentra un distribuidor en Estados Unidos.